Le but du contrôle médical est à la fois de vérifier si le complément de salaire est versé à bon escient (respect des devoirs incombant au salarié) mais aussi de lutter contre l'absentéisme abusif dont peuvent être victimes les entreprises. De plus, depuis 2010 et notamment aout 2010, la CPAM, sur la base du rapport du médecin contrôleur de l'employeur, peut suspendre les IJSS (indemnités journalières de sécurité sociale).
Les indemnités versées par un employeur lui donnent le droit d’effectuer un contrôle d’arrêt maladie si l’absence d’un salarié semble abusive ou pénalise trop l’entreprise. Le contrôle d’un salarié en arrêt maladie est donc justifié lorsque celui-ci ne dispose pas d’un arrêt de travail médicalement justifié, c’est-à-dire que sa pathologie a évolué et ne l’empêche plus de travailler normalement. Un arrêt maladie est également dit abusif quand le salarié est absent de son domicile/lieu de repos en dehors des heures de sortie autorisées préalablement par le médecin traitant. Autre raison d’avoir recours à un contrôle médical employeur : l’adresse fournie par le salarié est erronée ou incomplète. Ce dernier faisant toujours partie de la société (puisqu’il touche des indemnités) il doit se soumettre à ses obligations professionnelles, à savoir informer l’employeur de son lieu de convalescence (domicile ou autre).
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