Le but du contrôle médical est à la fois de vérifier si le complément de salaire est versé à bon escient (respect des devoirs incombant au salarié) mais aussi de lutter contre l'absentéisme abusif dont peuvent être victimes les entreprises. De plus, depuis 2010 et notamment aout 2010, la CPAM, sur la base du rapport du médecin contrôleur de l'employeur, peut suspendre les IJSS (indemnités journalières de sécurité sociale).

